Als Teil der Arbeiterbewegung standen die Naturfreunde „naturgemäß“ in scharfer Opposition zu den Nationalsozialisten. Sie kämpften sozusagen an zwei Fronten. Gegen einen inneren Feind, die Aktivitäten der Kommunisten innerhalb des Verbandes, und einen äußeren Feind, die Nationalsozialisten, die auch von ihrer Seite die Naturfreunde und ihre Häuser ins Visier genommen hatten. Dabei waren vor allem deren Häuser das Objekt der Begierde. Schon seit Beginn der 30er Jahre kam es zu direkten Konfrontationen der Nazis mit Naturfreunden, Beschädigungen an den Häusern, Störungen von Sonnwendfeiern und Veranstaltungen. Anonyme Drohbriefe und Überfälle auf einzelne Mitglieder waren an der Tagesordnung.
Die Repressionen gegen Mitglieder der Naturfreunde nahmen nach der Machtübernahme der Nationalsozialisten im Januar 1933 stark zu. Wiederum standen die Häuser im Mittelpunkt. Illegale Haussuchungen und Beschlagnahmungen waren an der Tagesordnung. Einige Häuser wurden geplündert – es kam zu Brandstiftungen.
Parallel dazu versuchte die Führung sowohl auf Reichs- als auch auf Gauebene mit Zugeständnissen gegenüber den neuen Machthabern den Fortbestand der Organisation zu gewährleisten. Das führte so weit, dass man sich bereiterklärte, die deutschen Naturfreunde auf „nationale“ Basis zu stellen. Man trat aus der Naturfreunde-Internationalen aus und in einer Reihe von Verhandlungen wurden weitere Zugeständnisse gemacht.
Ähnliches Vorgehen findet man auch bei einer Reihe anderer Arbeiterorganisationen, die ihre Grundüberzeugung über Bord warfen, in der Hoffnung auch unter den Nationalsozialisten weiter arbeiten zu können.
Das offizielle Verbot wurde nicht reichseinheitlich zum gleichen Termin ausgesprochen. Die hessischen Naturfreunde wurden mit Erlass vom 3. Juni 1933 unter Berufung auf die Verordnung des Reichspräsidenten zum Schutz von Volk und Staat vom 28. Februar 1933 (auch als „Reichstagsbrandverordnung“ bekannt) verboten.
Als Treuhänder in Hessen wurde der Pg. Klostermann eingesetzt, der damit beauftragt war, die umfangreichen Liegenschaften und das Vereinsvermögen der Naturfreunde wirtschaftlich zu verwerten.
Schon vor dem 3. Juni 1933 kam es zu Übergriffen auf Mitglieder und Eigentum der Naturfreunde, was Zeitzeugen belegen. Die Funktionäre hatten unter Hausdurchsuchungen und kurzzeitigen Verhaftungen zu leiden. Der Vandalismus gegen das Eigentum der Naturfreunde nahm stark zu.
Während die meisten Naturfreunde verstummten und sich resigniert ins Private zurückzogen, gab es einige, die mit Gleichgesinnten, ihrer politischen Überzeugung folgend, in den aktiven Widerstand gingen. Das waren Kommunisten, Sozialdemokraten und Mitglieder von Splittergruppen wie dem ISK. Einige bezahlten diesen Widerstand mit ihrem Leben, andere verbrachten Jahre in den Konzentrationslagern und Zuchthäusern der Nazis.
Stellvertretend seien diejenigen genannt , die für ihre Überzeugung das Leben gaben:
Konrad Belz (OG Kassel), Walter Rietig (OG Langen), Karl Löffert (OG Offenbach), Hans Bild (OG Frankfurt), Franz Metz (OG Frankfurt), Eugen Kaiser (OG Hanau), Oskar Jetschmann (OG Hanau), Wilhelm Leuschner (OG Darmstadt), sowie die beiden bereits an anderer Stelle genannten weiblichen Widerstandskämpferinnen Johanna Kirchner (OG Frankfurt) und Johanna Tesch (OG Frankfurt).
